В условиях маловодья Новосибирская ГЭС обеспечивает установленные судоходные попуски, говорится в сообщении РусГидро. По заданию Верхне-Обского БВУ расход в нижний бьеф гидроузла составляет 2000±50 куб. м/с, осуществляется сработка водохранилища со скоростью 1-2 см в сутки. В период половодья 2019 года наибольший уровень воды в створе гидропоста города Новосибирска наблюдался 18 июня и составил 94,1 м. Благодаря аккумулирующей способности Новосибирского водохранилища в нижнем бьефе гидроузла подтоплений садовых участков не зафиксировано.

Режимы наполнения и сработки водохранилищ, пропуск паводков на ГЭС устанавливает Федеральное агентство водных ресурсов (Росводресурсы) с учетом рекомендаций Межведомственной рабочей группы, в состав которой входят представители МЧС России, Минсельхоза России, Росрыболовства, Росморречфлота, АО «СО ЕЭС», органов исполнительной власти субъектов Федерации и др.